Depois de ter escapado da prisão, o super-vilão Shredder vai unir-se com o cientista louco Baxter Stockman e dois capangas idiotas, Bebop e Rocksteady, para desencadear um plano diabólico para dominar o mundo. Enquanto as Tartarugas se preparam para combater Shredder e a sua nova equipa, deparam-se com uma ameaça ainda maior: o célebre Krang.